公司被申请劳动仲裁了可以与劳动者进行调解，达成调解协议。可以向企业劳动争议调解委员会、依法设立的基层人民调解组织等申请调解，达成协议后，应当制作调解协议书，对双方当事人都有法律约束效力；若为达成协议，则可以申请仲裁。
一、一般劳动纠纷多久调解完
一般申请劳动纠纷调解后，调解委员会要在受理调解15天后达成调解协议，如果成不成协议的，可以申请劳动仲裁。
《劳动争议调解仲裁法》第十三条调解劳动争议，应当充分听取双方当事人对事实和理由的陈述，耐心疏导，帮助其达成协议。
第十四条经调解达成协议的，应当制作调解协议书。
调解协议书由双方当事人签名或者盖章，经调解员签名并加盖调解组织印章后生效，对双方当事人具有约束力，当事人应当履行。
自劳动争议调解组织收到调解申请之日起十五日内未达成调解协议的，当事人可以依法申请仲裁。
二、工伤不赔偿怎么办？
认定为工伤后，单位不予赔偿的，劳动者可以通过以下方：与用人单位协商；向基层人民调解组织、企业劳动争议调解委员会或在乡镇、街道设立的具有劳动争议调解职能的组织申请调解；向劳动争议仲裁委员会申请仲裁；对仲裁裁决不服，向人民提起诉讼。
法律依据
《中华人民共和国劳动争议调解仲裁法》
第五条
发生劳动争议，当事人不愿协商、协商不成或者达成和解协议后不履行的，可以向调解组织申请调解；不愿调解、调解不成或者达成调解协议后不履行的，可以向劳动争议仲裁委员会申请仲裁；对仲裁裁决不服的，除本法另有规定的外，可以向人民提起诉讼。
三、克扣工资维权的相关法律法规：
1、《劳动法》
第五十条工资应当以货币形式按月支付给劳动者本人。不得克扣或者无故拖欠劳动者的工资。第七十七条用人单位与劳动者发生劳动争议，当事人可以依法申请调解、仲裁、提起诉讼，也可以协商解决。
第八十任何组织和个人对于违反劳动法律、法规的行为有权检举和控告。
第九十一条用人单位有下列侵害劳动者合法权益情形之一的，由劳动行政部门责令支付劳动者的工资报酬、经济补偿，并可以责令支付赔偿金：
(1)克扣或者无故拖欠劳动者工资的；
(2)拒不支付劳动者延长工作时间工资报酬的；
(3)低于当地最低工资标准支付劳动者工资的；(四)解除劳动合同后，未依照本法规定给予劳动者经济补偿的。
2、《劳动争议仲裁调解法》
第四条发生劳动争议，劳动者可以与用人单位协商，也可以请工会或者第三方共同与用人单位协商，达成和解协议。第五条发生劳动争议，当事人不愿协商、协商不成或者达成和解协议后不履行的，可以向调解组织申请调解；不愿调解、调解不成或者达成调解协议后不履行的，可以向劳动争议仲裁委员会申请仲裁；对仲裁裁决不服的，除本法另有规定的外，可以向人民提起诉讼。
第六条发生劳动争议，当事人对自己提出的主张，有责任提供证据。与争议事项有关的证据属于用人单位掌握管理的，用人单位应当提供；用人单位不提供的，应当承担不利后果。第九条用人单位违反国家规定，拖欠或者未足额支付劳动报酬，或者拖欠工伤医疗费、经济补偿或者赔偿金的，劳动者可以向劳动行政部门投诉，劳动行政部门应当依法处理。
第十条发生劳动争议，当事人可以到下列调解组织申请调解：
(1)企业劳动争议调解委员会；
(2)依法设立的基层人民调解组织；
(3)在乡镇、街道设立的具有劳动争议调解职能的组织。
第十六条因支付拖欠劳动报酬、工伤医疗费、经济补偿或者赔偿金事项达成调解协议，用人单位在协议约定期限内不履行的，劳动者可以持调解协议书依法向人民申请支付令。人民应当依法发出支付令。
第二十七条劳动争议申请仲裁的时效期间为一年。仲裁时效期间从当事人知道或者应当知道其权利被侵害之日起计算。劳动关系存续期间因拖欠劳动报酬发生争议的，劳动者申请仲裁不受本条第一款规定的仲裁时效期间的；但是，劳动关系终止的，应当自劳动关系终止之日起一年内提出。
【本文关联的相关法律依据】
《中华人民共和国劳动争议调解仲裁法》第十条
发生劳动争议，当事人可以到下列调解组织申请调解：
（一）企业劳动争议调解委员会；
（二）依法设立的基层人民调解组织；
（三）在乡镇、街道设立的具有劳动争议调解职能的组织。
企业劳动争议调解委员会由职工代表和企业代表组成。职工代表由工会成员担任或者由全体职工推举产生，企业代表由企业负责人指定。企业劳动争议调解委员会主任由工会成员或者双方推举的人员担任。
第十四条
经调解达成协议的，应当制作调解协议书。
调解协议书由双方当事人签名或者盖章，经调解员签名并加盖调解组织印章后生效，对双方当事人具有约束力，当事人应当履行。
自劳动争议调解组织收到调解申请之日起十五日内未达成调解协议的，当事人可以依法申请仲裁。